水产em菌种中有益微生物(硝化细菌，光合细菌，硫化细菌，芽孢杆菌等净水微生物)它们的使养殖者在不中断养殖过程的情况下，清除池塘长时间养殖水域底部，尤其是老虾池底积累大量的残余饲料，排泄物，动植物残体以及有害气体(氨，硫化氢等)，使之先分解为小分子(多肽，高极脂肪酸等)，后为更小分子有机物(氨基酸，低极脂肪酸，单糖，环烃等)，最终分解为二氧化碳，硝酸盐，硫酸盐等有效地降低了水中COD，BOD，使水体中的氨氮(NH4-N)与亚硝酸氮(NO2-N)降低，起到了净化水质的作用。且能为单细胞藻类为主的浮游植物的繁殖提供营养物质，促进藻类为主的浮游植物的繁殖，这些藻类为主的浮游植物的光合作用，又为池内底栖动物，水产动物的呼吸，有机物的分解提供氧气，从而形成一个良性的生态循环，有利于水产动物的迅速生长，其主要营养物质循环。同时由于净水微生物的大量繁殖，在池内形成优势种，可抑制病原微生物的繁殖，减少疾病发生。